Τα τελευταία χρόνια ο Κώστας Παπανικολάου αποτελεί τη σημαία του Ολυμπιακού, διαδεχόμενος τους Βασίλη Σπανούλη και Γιώργο Πρίντεζη στην αρχηγία της ομάδας.
Πιο συγκεκριμένα, σκαρφάλωσε στη δεύτερη θέση της λίστας με τους παίκτες με τις περισσότερες συμμετοχές στην ιστορία του Ολυμπιακού. Διότι έφτασε τις 365 εμφανίσεις στο πρωτάθλημα, ξεπερνώντας τον Γιώργο Πρίντεζη στη σχετική λίστα.